Der Botanische Garten Berlin entwickelt und unterhält zahlreiche wissenschaftliche Datenbanken und Informationssysteme. Dazu gehören die lokalen Datenbanken für die Lebendsammlung und das Herbarium des BGBM, nationale und internationale taxonomische Checklisten-Datenbanken und Portale für verteilte primäre Biodiversitätsdaten. Alle Systeme sind öffentlich über das World Wide Web verfügbar.

• Accessions in the botanical garden
• AlgaTerra - Information System on terrestrial and limnic Micro Algae
• BioCASE portal for BGBM collections
• BioCASE portal for European biodiversity
• BioCASE portal for German phytodiversity
• Campanula Dataportal
• Caryophyllales Portal
  • Cactaceae
  • Nepenthaceae
  • Plumbaginaceae
• Cichorieae Portal
• Dendroflora de El Salvador
• DERMBASE, names of Dermateaceae (Ascomycetes)
• Digital Specimen Images
• EDIT Specimen and Observation Explorer for Taxonomists
• Euro+Med Plantbase
• Flora de la República de Cuba
• Flora of Cuba database (Specimens)
• Flora of Cyprus – A Dynamic Checklist
• GBIF-D Algae & Protozoa Datenportal
• Global Genome Biodiversity Network (GGBN)
• IAPT Registration of Plant Names Trial
• IOPI Global Plant Checklist Prototype
• LICHCOL database of lichen herbarium specimens
• Med-Checklist online
• Names in Current Use for Extant Plant Genera (NCU-3e)
• Spermatophyta and Pteridophyta of Cuba - A Preliminary Checklist
• Standardliste der Farn- und Blütenpflanzen Deutschlands
• The genus Ziziphus Mill. (Rhamnaceae) in the Caribbean
• Vascular Plants Checklist of Greece
• Virtuelles Herbarium Deutschland